Parallelamente agli studi scientifici si è diplomato in Pianoforte (Lucca 1980) ed in Direzione di coro (Bologna 1984).
Nell'approfondimento degli strumenti storici a tastiera ha studiato con D. Chorzempa alla Scuola di Musica di Fiesole ed ha seguito corsi di interpretazione a Londra con K. Gilbert, K. Kite, a Verona con T. Koopman, specializzandosi nelle problematiche della realizzazione dell'accompagnamento dal basso cifrato. 
A completamento del suo interesse per i problemi legati alla vocalità ed all'interpretazione della musica rinascimentale e barocca ha educato la sua voce durante vari corsi di interpretazione a cui ha partecipato, lavorando tra gli altri con I. Partridge, E. Kirkby, E. Tubb. 
Ha esordito nel teatro, come Maestro sostituto e al cembalo in stagioni liriche, lavorando con i grandi nomi del Teatro Lirico internazionale ( V. Puecher, F. Crivelli, B. Menegatti, V. Bertinetti, C. Fracci, H. Handt, B. Rigacci, N. Wiss, G. Ravazzi ). 
Ha partecipato alla produzione di più di trenta opere del repertorio internazionale. Tra queste ha suonato (maestro al cembalo) ne "Il giocatore di Cherubini" per i Concerti Italcable del Teatro Sistina di Roma, radiotrasmesso in diretta su Rai-Radio 3, 9 Novembre 1986 e (maestro al fortepiano) ne "I pazzi per progetto di Donizetti" ( stagione lirica del Teatro di Lugo di Romagna 1988, registrato dal vivo per Bongiovanni). 
Come continuista ha collaborato con direttori e solisti quali F. Bruggen, A. Bijlsma, E. Ameling, D. Chorzempa, P. Pollastri, P. Kogan, M. Inoue, D. Gatti, nell'ambito della attività svolta con l'ORT-Orchestra della Toscana.Ha collaborato con The Consort of Musicke, come assistente preparando i cantanti e realizzando il continuo, in tre edizioni del Dartington International Summer School per la produzione di Masques ed opere inglesi di Purcell, Eccles, e Blow.
Con il Consort ha partecipato come attore-organista alla realizzazione del film documentario Banquet of Senses girato a Palazzo Te di Mantova per la Radio Televisione Olandese, incidendo anche, come organista, il cd con musiche di Monteverdi: Madrigali erotici e spirituali per l'etichetta Musica Oscura. 
Con I solisti del Madrigale diretti da Giovanni Acciai ha suonato in numerosi concerti di musiche monteverdiane ed ha inciso, al cembalo, il Sesto libro dei Madrigali per Nuova Era.Collabora tra gli altri con Herbert Handt, Pro Cantione Antiqua, Paolo Pollastri, Sergio Azzolini, Angelo Bartoletti, Paul Goodwin, Rinaldo Alessandrini. 
Come solista ha inciso, in prima mondiale, per Dynamic, Neue Clavier- Übung per clavicembalo di Kuhnau, imponendosi alla critica internazionale. ( …Micheli abbellisce i ritornelli con gusto ed immaginazione, e rende il clavicembalo vivo con una varietà di arpeggi ed articolazioni……..American Record Guide).
 E' direttore ospite all' Università di Cincinnati, per la quale, oltre a collaborare come "maestro di stile" per la vocalità italiana, ha diretto "Alcina" di Haendel, per la regia di David Edwards, "Amore e Morte" su musiche di Claudio Monteverdi ed un opera sulla vita di Carlo Gesualdo da Venosa, con musiche di Alan Otte e madrigali di Gesualdo, entrambe con regia di Malcom Fraser. 
E' invitato regolarmente a dirigere gruppi specializzati, quali Pro Musica, Andrea Amati Baroque Orchestra.
Ha collaborato come "coach" in Masterclass Internazionali sulla voce con G. Ravazzi, D. Ferro, C. Vilalta, H. Handt. 
E' vicepresidente dell'Accademia Italiana di Canto, che promuove e produce lo studio delle opere del '700 italiano.

Pianista accompagnatore al Conservatorio di Genova (1985 - 1989) e di Parma (1990 - 1995) dal 1996 è titolare della cattedra di Esercitazioni Corali all'Istituto Musicale Mascagni di Livorno.